2005年5月，复旦大学生物医学研究院揭牌运行，今年5月，研究院（以下简称研究院）迎来建院二十周年。
“研究院从诞生起就是创新的产物，是综合性大学办医学院的创新载体，是‘不拘一格降人才、突破传统建机制’的创新实践，也是打造基础临床融合、多学科交叉的创新平台，承担了聚焦科技前沿，凝练关键问题，引育尖端人才，突破‘卡脖子’难题、实现从‘零到一、一到十’的光荣使命。”复旦大学党委副书记、上海医学院党委书记袁正宏说。
二十年间，研究院以创建“中国第一、世界一流的生物医学交叉学术研究机构”为使命，在生物医学交叉学科领域形成“代谢与肿瘤的分子细胞生物学”“医学表观遗传学”“系统生物医学”三个优势方向，构建起一批实力雄厚的科研团队，孵化出众多基础性、原创性技术突破。
研究院于2004年3月开始筹建，筹建团队聚集了当时复旦大学和附属医院的几乎所有院士和著名专家，他们开展充分论证，只为探索出一条学科建设的新路。
筹建团队提出，坚决不在原有的基础上画延长线，要建设面向未来的学科，打造史无前例的平台。在发展过程中，研究院曾提出“章鱼模式”的发展理念：以核心平台为“头部”，向外延伸出多学科触角，整合资源攻克医学难题。发展至今，研究院的科研团队在组蛋白修饰、表观遗传调控、非编码RNA、结构生物学、蛋白组学、表观遗传与代谢交互调控、肿瘤代谢与免疫、人类遗传疾病、化学生物学等领域，均已在国内外产生广泛的影响力。
值得一提的是，为更好地保驾护航人才的成长，研究院在建院之初，就定下了院内所有工作围绕“服务PI”开展的理念。20年来，研究院始终坚持“引育并举”的人才发展战略，近10年持续引进了一大批多学科交叉的国家级青年才俊，高层次创新人才队伍不断壮大。新一代的青年学者也在这里迅速成长，在各自领域中崭露头角。
2009年，研究院确立了全职PI与双聘PI并重的发展模式。从国外引入国际一流科学家，同时聘任校内生物医药领域的知名学者担任双聘PI。
同时，为进一步拓展转化医学研究，研究院先后与多家附属医院开展双聘合作，建立了互利共赢的合作格局。在双聘机制下，研究院指向“把人培养好，把科研做好”，放弃对论文发文第一单位的追求，甚至将科研经费直接落到科学家双聘的医院。
“研究院的双聘机制，既盘活了校内各单位的资源，也将基础研究和临床工作有机链接起来。”中国科学院院士、生物医学研究院院长葛均波表示。
近年来，研究院积极加强与中山医院、华山医院、肿瘤医院等临床机构的深度合作，探索基础研究与临床科学问题融合的新模式，显著提升了研究院的转化研究能力与服务社会的综合水平。
研究院不仅通过首创的双聘机制实现跨学科人才集聚，更如同“黄埔军校”一般，持续向复旦大学各院系及附属医院输送复合型人才。
在研究生培养方面，研究院以培养高层次学术创新型人才为核心使命，率先实行长学制研究生培养模式，着力锻造学生的独立思考力、科研实践力与原始创新力。20年来，研究院已累计培养近千名高素质毕业生，毕业生广泛投身于国内外高水平科研机构、国际一流医药企业，或以选调生身份服务基层建设。
“生物医学研究院就像一座现代化国际机场，各课题组恰似在此运营的航空公司。这座科研‘航空枢纽’为科研团队搭建起腾飞的跑道。”葛均波说道。
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